A criação da PPSA resultou de um longo processo, em que o objectivo central foi a preservação da Mata da Margaraça, cujo carácter de relíquia da floresta de vegetação primitiva nas encostas xistosas e a presença de um elevado número de espécies e habitats com interesse cientifico e para a conservação da natureza, fez que o valor desta fosse reconhecido no âmbito nacional e internacional. São ainda objectivos da Área Protegida a protecção de espécies vegetais e animais que apresentem características peculiares, pela sua raridade e/ou valor científico, e os seus habitats naturais; a preservação de habitats importantes para o conhecimento da evolução da floresta portuguesa e dos processos ecológicos inerentes ao seu equilíbrio e para o estudo da vida selvagem; a protecção das paisagens que, pela sua harmonia, apresentam interesse estético digno de protecção; e a promoção do desenvolvimento sustentado da região, valorizando a interacção entre as componentes ambientais naturais e humanas, melhorando a qualidade de vida das populações.