A flora na PPSA e em grande parte do território da Serra de Açor, o Complexo Xisto-Grauváquico, do período geológico do Câmbrico ou Pré-câmbrico (xisto-arenito-porfiróide), com mais de 500 milhões de anos.

O domínio do xisto, associado ao sistema de dobras e fracturas que o atravessam, origina um relevo vigoroso mas de contornos arredondados, sulcado por vales com grandes quedas de nível e linhas de água encaixadas.

A baixa espessura dos solos na maior parte da Serra de Açor, associada a um revestimento vegetal pobre e aos grandes declives, resulta em cursos de água frequentes mas de regime torrencial, caracterizados por um caudal elevado e períodos de estio prolongados nos meses mais quentes.

A sua localização geográfica torna a Serra de Açor um espaço de transição entre áreas de clima mediterrânico e zonas de marcada influência atlântica. O clima sofre influência atlântica nas vertentes expostas a NW, como acontece na Mata da Margaraça, e influência mediterrânica nos vales abrigados e nas encostas viradas a SE.

No que diz respeito ao factor Temperatura, podemos, ao longo do ano, considerar três períodos distintos:
- um período quente, constituído pelos meses de Junho a Setembro, com temperaturas médias de 18,2 a 21,4.º C;
- um período frio, constituído pelos meses de Dezembro a Fevereiro, com temperaturas médias de 6,9 a 7,6.º C;
- um período de transição, formado pelos restantes meses, em que se encontram meses com temperaturas crescentes (Março, Abril e Maio, com temperaturas médias de 9,8 a 15,2.º C) e meses com temperaturas decrescentes (Outubro e Novembro, com temperaturas médias de, respectivamente, 15.4 e 10.2.º C).

A distribuição de precipitações na Serra de Açor permite a divisão clara em dois períodos, um chuvoso que decorre entre os meses de Outubro até Maio, caracterizado em média pela existência de 10 a 14 dias de chuva por mês, e outro seco incidindo nos meses de Junho a Setembro, caracterizado em média pela existência de 2 a 7 dias de chuva.