Na Paisagem Protegida da Serra de Açor existe uma variedade considerável de habitats, cada um deles albergando o seu cortejo característico de espécies.

Do conjunto de habitats destacam-se os carvalhais, os povoamentos de espécies lauróides (loureiro, azereiro, medronheiro), as galerias ribeirinhas e os povoamentos de azevinho. Mas podem ser observadas também as comunidades que se desenvolvem sobre substractos rochosos (ripícolas), e também urzais, giestais, soutos, povoamentos de sobreiro e pinhais.

Alguns destes habitats correspondem aos habitats referidos na Directiva Habitats (Directiva 92/43/CEE). Como exemplo de alguns dos habitats presentes na PPSA temos:

- 4030 Charnecas secas europeias;
- 5230• Matagais arborescentes de Laurus nobilis;
- 8220 Vertentes rochosas siliciosas com vegetação casmofítica;
- 91EO• Florestas aluviais de Alnus glutinosa e Fraxinus excelsior;
- 92AO Florestas-galerias de Salix alba e Populus alba;
- 9160 Carvalhais mesotróficos de Quercus robur;
- 9260 Florestas de Castanea sativa;
- 9330 Florestas de Quercus suber;
- 9380 Florestas de Ilex aquifolium.