Destacam-se pela sua importância, em termos de conservação para a área protegida o lobo Canis lupus, o morcego-de-bigodes Myotis mystacinus, o morcego-de-franja Myotis nattereri, morcego-rabudo Tadarida teniotis, a águia-cobreira Circaetus gallicus, o falcão-peregrino Falco peregrinus, a petinha-ribeirinha Anthus spinoletta, melro-das-rochas Monticola saxatilis, o papa-moscas Ficedula hipoleuca, a gralha-de-bico-vermelho Pyrrhocorax pyrrhocorax ou o dom-fafe Pyrrhula pyrrhula.
De um modo geral as espécies animais são típicas de determinados locais, estando ligadas mais a um ou outro biótopo, onde a sua actividade biológica mais se concentra, ou seja o seu habitat.
O meio aquático (cursos de água e suas margens, charcos, zonas alagadiças, pequenos açudes e lagoas) suporta populações diversas de pequenos macroinvertebrados, como a libélula ou o alfaiate que alimentam toda uma cadeia trófica que aqui se inicia. Entre as diversas espécies de peixes presentes destaca-se a truta-marisca Salmo trutta, característica de troços mais torrenciais e mais montanhosos dos rios e ribeiras.
Os anfíbios procuram nos charcos, zonas alagadiças, linhas de água, tanques, poços e locais mais húmidos e umbrosos, a água para se reproduzirem ou humedecerem a sua pele nua. Merecem destaque pela sua raridade ou abundância salamandra-lusitânica Chioglossa lusitanica, tritão-de-ventre- laranja Triturus boscai, rã-ibérica Rana iberica, rã-de-focinho-pontiagudo Discoglossus galgonoi, lagarto-de-água Lacerta schreiberi, cobras-de-água Natrix maura e N. natrix.
Certas aves procuram também as zonas ribeirinhas para seu habitat: galinhola Scolopax rusticola, narceja Gallinago gallinago, alvéolas Motacila flava e M. cinerea, o melro-de-água Cinclus cinclus ou o pica-peixe Alcedo athis. A toupeira-de-água Galemys pyrenaicus e a lontra Lutra lutra são mamíferos que também aqui encontram as frescas e límpidas águas da montanha.
Os carvalhais constituem um biótopo importante para a sobrevivência de muitas espécies, encerrando um potencial em biodiversidade elevado.
Também assumem particular importância os povoamentos florestais de resinosas, os bosques mistos e os antigos olivais abandonados.
Nas aves, a rola Streptopelia turtur, a poupa Upupa epops, a trepadeira-azul Sitta europaea ou o pica-pau-verde Picus viridis, podem ser encontrados a procurar pequenos insectos nos velhos carvalhos. O açor Accipiter gentilis e o gavião Accipiter nisus são rapinas típicas deste meio, instalando o seu ninho e caçando na sua orla, assim como as nocturnas coruja-do-mato Strix aluco e mocho-galego Anthene noctua que escondidas no arvoredo aguardam pacientemente por algum leirão Eliomys quercinus que passe à sua frente. A águia-de-asa-redonda Buteo buteo, o tentilhão-comum Fringila coelebs, a estrelinha-de-cabeça-listada Regulus ignicapillus ou a tordeia Turdus viscivorus, ocupam tanto os bosques mistos (compostos de espécies de folha caduca e de folha persistente), como as matas de coníferas. Já o cruza-bico Loxia curvirostra e o bico-grossudo Coccothrausters coccothrautes preferem as matas puras de coníferas ricas em pinhas.
Mais conspícuos e de hábitos muito específicos, certos mamíferos refugiam-se ou procuram o seu alimento neste meio. O corço Capreolus capreolus, o gato-bravo Felix silvestris, o esquilo Sciurus vulgaris e certos mustelídeos como o arminho Mustela erminea, a fuinha Martes foina, o toirão Mustela putorius, ou a geneta Genetta genetta, são disso exemplo.
Os matos e matagais são também importantes biótopos onde uma variada fauna procura o seu habitat. Sendo áreas mais abertas oferecem menos refúgio, sendo mais utilizadas por répteis e aves e alguns mamíferos de menor porte. Sempre que um rasgo de sol penetra na atmosfera é imediatamente procurado pelo sardão Lacerta lepida, pelas lagartixas Podarcis bocagei e P. hispanica ou ainda pela cobra-bordalesa Coronella girondica e pela cobra-rateira Malpolon monspessulanus. Nidificando no chão ou nos pequenos arbustos deste biótopo encontram-se a águia-caçadeira Circus pygargus, o tartaranhão-azulado Circus cyaneus, a felosa-do-mato Sylvia undata, o cartacho-preto Saxicola torquata, a ferreirinha Prunella modularis, o picanço-real Lanius excubitor e as petinhas Anthus spp.
As escarpas, falésias ou encostas declivosas de montanha são bastante utilizadas pela andorinha-das-rochas Ptyonoprogne rupestris e pelo andorinhão-preto Apus apus, que em pleno voo captura os insectos de que se alimenta. Também o peneireiro-de-dorso-malhado Falco tinnunculus, o mocho-real Bubo bubo, o melro-azul Monticola solitarius e o corvo Corvus corax, utilizam este biótopo.
A osga-comum Tarentola mauritanica instala-se nas fendas dos muros, paredes e nas velhas habitações de xisto nas zonas de fácies mais seco. Regista-se a presença de espécies da fauna típicas das serranias do norte interior com algumas espécies raras, ameaçadas ou únicas.