O PNDI foi criado através do Decreto-Lei n.º8/98, de 11 de Maio.

O enclave orográfico constituído pelo rio Douro e seu afluente, o Águeda, fronteira natural entre Portugal e Espanha, possui características únicas em termos geológicos e climáticos, condicionando as comunidades florística e faunística, nomeadamente a avifauna, e as próprias actividades humanas.

A classificação desta área como Parque Natural  visou a adopção de medidas tendentes a valorizar as características mais relevantes do ponto de vista natural, paisagístico, sócio-económico e cultural.

Segundo o Decreto-Lei acima referido, constituem objectivos específicos deste Parque Natural:
a) Valorizar e conservar o património natural e o equilíbrio ecológico, através da preservação da biodiversidade e da utilização sustentável das espécies, habitats e ecossistemas;
b) Promover a melhoria da qualidade de vida das populações em harmonia com a conservação da natureza;
c) Valorizar e salvaguardar o património arquitectónico, histórico e cultural, com integral respeito pelas actividades tradicionais, designadamente a Região Demarcada do Douro, a mais antiga região demarcada do mundo;
d) Ordenar e disciplinar as actividades recreativas na região de forma a evitar a degradação dos elementos naturais, seminaturais e paisagísticos, estéticos e culturais da região.

Em 11 de Abril de 2002, foi criado o Parque Natural de Arribes del Duero (ver link abaixo para mais informações), com uma superfície de aproximadamente 106.105 ha, que forma parte da rede de espaços naturais e protegidos de Castela e Leão, com o objectivo de conservar, proteger os recursos naturais da zona, preservar a sua biodiversidade e manter os ecossistemas.

A criação deste Parque Natural em território espanhol complementa a protecção da zona mais sensível em termos de conservação da natureza, que corresponde ao canhão dos rios Douro e Águeda.
Os dois Parques formam no seu conjunto um dos maiores espaços protegidos da Europa, com uma superfície de 192.605 ha.