Comunidades dunares
Na zona da duna primária, que sofre a acção directa do mar, torna-se visível a vegetação própria das areias litorais. Assim, podem ser observadas espécies espontâneas características desse meio: Estorno [Ammophila arenaria (L.) Link], Cordeirinho-da-praia [Otanthus maritimus (L.) Hoffmanns. & Link], Couve-marítima [Calystegia soldanella (L.) R. Br.], Cardo-marítimo (Eryngium maritimum L.), Eruca-marítima (Cakile maritima Scop.), Narciso-das-areias (Pancratium maritimum L.), Madorneira (Artemisia campestris L.), Morganheira-das-praias (Euphorbia paralias L.), Granza-da-praia (Crucianella maritima L.), etc.
O estádio pioneiro da vegetação dunar na RNDSJ está representado pelas Associações Honkenyo - Euphorbietum peplis e Euphorbio-Agropyretum junceiformis; estas, ocupam o sector da praia alta, mais próximo da sua frente e da influência do mar e estão em equilíbrio com a dinâmica sedimentar, as elevadas salinidades do solo, do ar e do vento.
O segundo estádio da sucessão vegetal está representado pela Associação Otantho-Ammophiletum australis; ocupa as cristas das ondulações da duna branca, e encontra-se em equilíbrio com uma menor velocidade do vento, menor salinidade do solo e do ar.
A Associação Iberidetum procumbentis constitui o terceiro estádio da sucessão natural; ocupa as áreas quentes e secas da duna cinzenta; em relação aos estádios anteriores, esta Associação está em equilíbrio com uma etapa mais evoluída do solo (maior espessura, quantidade de matéria orgânica e riqueza em elementos nutritivos), com a estabilidade das areias, a menor salinidade do solo e do ar, e a menor velocidade do vento. Nas depressões interdunares húmidas, a etapa madura, é constituída por uma comunidade de Salix atrocinerea Brot. e Salix arenaria L.. É uma comunidade em equilíbrio, com a toalha freática próxima da superfície. O solo corresponde à etapa mais desenvolvida do ecossistema. Nas depressões húmidas da duna cinzenta, as comunidades vegetais que acompanham a comunidade de salgueiros, são marcados pelas Associações Galio-Juncetum maritimi (ocupa as áreas mais húmidas) e Holoschoeno-Juncetum maritimi (em equilíbrio com menor quantidade de água no solo). Nas áreas mais secas da duna cinzenta, o estádio evolutivo que se segue, é marcado pela Associação Rubio-Coremetum albi, que constitui a orla barlamar da mata; é uma Associação endémica das costas atlânticas da Península Ibérica, que, muitas vezes faz parte de séries da vegetação dunar litoral, constituindo um estádio muito próximo das etapas maduras.
O último estádio na sucessão, nas áreas secas da duna cinzenta, é marcado pela Associação Stauracantho-Coremetum albi com estrato arbóreo de Pinheiro-bravo (Pinus pinaster Aiton).
Comunidades florestais
A presença das comunidades florestais (arbóreas e arbustivas), inicia-se na duna secundária e estende-se até à ria. Dominada por uma mata de Pinheiro-bravo (Pinus pinaster Aiton), podem encontrar-se pequenas manchas de folhosas e resinosas autóctones. Assim, no estrato arbóreo das áreas florestadas, verifica-se a presença de Pinheiro-bravo e, mais raramente, Pinheiro-manso (Pinus pinea L.). Nas áreas ocupadas por folhosas, o estrato arbóreo é composto por Choupo-negro (Populus nigra L.), Amieiro [alnus glutinosa (L.) Gaertner], Salgueiro preto (Salix atrocinerea Brot.) e Salgueiro anão (Salix arenaria L.). Estas espécies de folhosas surgem nas zonas mais baixas, em que se verifica acumulação frequente de água - , Samouco (Myrica faya Aiton) e Medronheiro (Arbutus unedo L.). O Eucalipto (Eucalyptus globulus Labill.) é apenas residual no interior da Reserva e as várias espécies de acácias (Acacia sp.), que são espécies exóticas de características invasoras, encontram-se disseminadas por toda a Reserva.
Ao nível do estrato arbustivo, nota-se a presença da Camarinheira [Corema album (L.) D. Don] sendo de referir que esta surge, principalmente, nas zonas da mata mais próximas do sistema dunar, Murta (Myrtus communis L.), Lentisco-bastardo (Phillyrea angustifolia L.), Tojo (Ulex europaeus L.), Sanganho-mouro (Cistus salvifolius L.), Sanganho (Cistus psilosepalus Sweet), Folhado (Viburnum tinus L.), Sabina-das-areias (Juniperus turbinata Guss.), Rosmaninho (Lavandula stoechas L.), Gilbardeira (Ruscus aculeatus L.), Giesteira-das-sebes (Cytisus sp.).