As grandes unidades paisagísticas da RNES organizam-se em torno da massa de água do estuário e dos canais e esteiros dos seus sapais, que constituem a sua unidade fundamental.

A disposição das restantes unidades, mais ou menos representativas está dependente da topografia e litologia dos terrenos, bem como dos factores antrópicos.

Na fachada ocidental vamos encontrar as formações dunares de Troia/Comporta onde se observam dunas ainda bem conservadas,  de onde é possivel abranger uma ampla panorâmica sobre o estuário.

Pela zona sul, no eixo entre a Comporta e Cachopos, existe uma dominância de arrozais que ocupam largas faixas entre os sapais e a área terrestre com zonas de características dunares com vegetação arbustiva e pinhais. Aqui e ali, pequenos aglomerados e casas dispersas. Entre as dunas surgem culturas hortícolas de rotação em que a batata doce é presença obrigatória.

A zona compreendida entre Cachopos na margem sul e Monte Novo de Palma na margem norte corresponde a uma unidade diferente, não só pela proximidade das margens, como também pela presença de salinas que se repartem por numerosos grupos (Cachopos, Torrinha/Casas Novas, Batalha, Faias e Monte Novo) cujos cristalizadores surgem fronteiros ao rio ou aos esteiros principais. Para lá dos arrozais, sob os terrenos arenosos, surgem os povoamentos de sobreiros e pinheiros mansos, dominando os primeiros a margem norte e os segundos a margem sul.

Entre o canal de Águas de Moura e a Ribeira de S.Martinho a paisagem altera-se, o rio abre-se, primeiro num enseada por altura das Foicinhas/Abul, depois numa costa de arriba arenítica que, do Pinheiro ao Zambujal, separa os estreitos sapais da área terrestre, esta assumindo a forma de montado, com a típica associação do sobreiro ao pinheiro manso. Sendo uma zona de grande propriedade, o povoamento assume as características dos montes, que no caso da Herdade do Pinheiro, constitui como que uma pequena aldeia com a população alojada em casas da propriedade.

No interior do montado surgem algumas zonas húmidas em forma de lagoas e turfeiras, interessantes do ponto de vista florístico e paisagístico.

Na ampla paisagem estuarina destaca-se a silhueta da ilha do Cavalo.
Entre o canal de Águas de Moura e a Mitrena ocorre um outro tipo de paisagem, pois a presença dos montados é vestigial. Apenas na Herdade da Gâmbia, Pontal de Musgos e Herdade da Mitrena encontramos essa ocupação ainda com alguma expressão.

O estuário fecha-se e recorta-se em canais e esteiros que foram o domínio das salinas, a maioria das quais actualmente abandonadas ou transformadas em pisciculturas.
A pressão urbana é aí também mais intensa, chegando o limite urbano aos sapais, numa situação particularmente desordenada no Faralhão e nas Praias do Sado.