A Reserva Natural do Estuário do Sado deve o seu nome ao rio Sado, o principal curso de água que a atravessa. O Sado nasce a sudoeste de Ourique, corre na direcção sudeste - noroeste e percorre 175 Km até desaguar a Oeste da cidade de Setúbal. É navegável até cerca de 70 Km e os seus principais afluentes são: o rio Xarrama e as ribeiras de Campilhas, do Roxo, da Figueira, de Odivelas, de Alcáçovas, da Marateca e de S. Martinho. A extensão do rio que está inserida na Reserva mede cerca de 28 Km, sendo toda navegável. Os únicos afluentes que têm parte do seu percurso dentro da área da Reserva são a Ribeira de S. Martinho, que entra junto ao Monte Novo de Palma e a Ribeira de Marateca atinge o valor máximo de largura, cerca de 5000 metros, para depois voltar a estreitar até atingir na foz cerca de 1600 metros.
Reserva é formada em grande parte por planícies aluviais com uma altitude média muito baixa, a maior parte das vezes entre os 10 e os 20 metros, atingindo o valor máximo de 40 metros na margem norte, próximo do monte do Abul. Para além das planícies aluviais podem encontrar-se ainda outros tipos de formação como dunas, praias (fluviais e marítimas) e alguns afloramentos plistocénicos e miocénicos. Em ambas as margens existem sapais que são entrecortados por esteiros e canais.
As areias de praias modernas ocorrem ao longo do mar constituindo em parte a Península de Tróia. No extremo SW desta desenvolvem-se dunas que formam uma língua de areia, separando do mar o estuário do Sado. As areias das dunas desenvolvem-se essencialmente na margem sul.
Os solos da Reserva apresentam alguma diferenciação consoante a sua origem, localização e grau de erosão. É de salientar a existência de solos salinos imediatamente contíguos ao leito do rio, sendo ocupados por áreas de sapal, salinas e vários tipos de aquacultura. Estando os tipos de vegetação condicionados pelas características dos solos, podemos então aqui encontrar diferentes tipos de ocupação vegetal, podendo-se esta dividir em dois grandes tipos - Florestal e Agrícola havendo no entanto alguns espaços menores com outras ocupações, tais como agro - florestal, vegetação natural, incultos e áreas sociais. Analisando o coberto vegetal na Reserva, verificamos que predomina a floresta com 16,8% da área total da Reserva, contra 11,1% utilizada para a agricultura.
São de destacar as áreas de pinheiro bravo mais sobreiro, em associação.
As áreas de pinheiro manso são bastante consideráveis, tendo a sua maior expressividade no concelho de Alcácer do Sal onde aquele pode ser considerado um importante recurso económico.
A área utilizada para a agricultura é dominada pela orizicultura com mais de 50% da área agrícola.