A Reserva Natural do Estuário do Tejo abrange uma área de 14.192 ha, que inclui uma extensa superfície de águas estuarinas, campos de vasas recortados por esteiros, mouchões, sapais, salinas e terrenos aluvionares agrícolas (lezírias). Insere-se na zona mais a montante do estuário, distribuindo-se pelos concelhos de Alcochete, Benavente e Vila Franca de Xira e não excedendo os 11 m de altitude e a profundidade de 10 m.

Nas margens do estuário desenvolve-se o sapal, cuja comunidade florística vive sob a influência das águas trazidas pela maré. Região de grande produtividade a nível de poliquetas, moluscos e crustáceos, constitui autêntica maternidade para várias espécies de peixes, como é o caso do linguado e do robalo. Dentre as espécies sedentárias tipicamente estuarinas salientam-se o caboz-de-areia e o camarão-mouro. Para peixes migradores como a lampreia, a savelha e a enguia o Tejo é local de transição entre o meio marinho e o fluvial.

No entanto, é a avifauna aquática que atribui ao estuário do Tejo o estatuto da mais importante zona húmida do País e uma das mais importantes de Europa. Os efectivos de espécies invernantes chegam a atingir cerca de 120.000 indivíduos.  As contagens regularmente efectuadas indicam que invernam nesta Área Protegida mais de 10.000 anatídeos e 50.000 limícolas, das quais se destaca o alfaiate, com um número que pode ascender a 25% da população invernante na Europa. Muitas outras espécies atestam igualmente a riqueza biológica e o valor para a Conservação da Natureza desta região, nomeadamente o flamingo, o ganso-bravo, o pilrito-de-peito-preto e o milherango.