Na vegetação da Reserva Natural do Estuário do Tejo destaca-se a vasta mancha halofítica ou de sapal que bordeja o estuário. Constituída sobretudo por gramíneas e arbustos de pequeno porte, que colonizam os solos de vasa compactada nas margens estuarinas até onde chegam as marés, representa a continuidade da produtividade primária entre o ambiente aquático e o terrestre. Estas plantas vasculares constituem os principais produtores primários do estuário, tendo a sua produção anual de biomassa sido estimada em 17.790 toneladas de carbono.
A Spartina maritima, vulgarmente designada com o nome de morraça, é a gramínea pioneira na colonização das vasas consolidadas. Esta espécie bem adapatada à imersão prolongada das águas salgadas forma, aqui e além, ilhotas nas bordas do sapal, criando condições necessárias ao desenvolvimento de outras espécies como a gramata-branca Halimione portulacoides e a gramata Sarcorconia fruticosa. Estas espécies representam um papel determinante na composição, estrutura e dinâmica do sapal. Outras gramatas presentes são Sarcorconia perenne, Salicornia nitens e Arthrocnemum sp.. Onde a maré chega menos vezes ou existe afluência de água doce, ocorre um cortejo de plantas que inclui o valverde-dos-sapais Suaeda vera, o marmequer-da-praia Aster tripolium, a morraça Puccinellia maritima, a madorneira-bastarda Inula crithmoides, o limónio Limonium spp. e a salgadeira Artiplex halimus. Mais a montante, onde a salinidade das águas é bastante baixa, o junção Scirpus maritimus e o caniço Phragmites australis dominam as margens formando extensas manchas de caniçal.
No ambiente aquático propriamente dito são ainda de referir a existência de fitoplancton (produção primária estimada em 4.400 toneladas de carbono por ano, em toda a área estuarina); do microfitobentos, predominantemente constituído por algas unicelulares do grupo das diatomáceas que proliferam à superfície das vasas e areias, realizando fotossíntese enquanto se encontram expostas à luz durante a maré vazia (produção primária estimada num valor próximo de 11.000 toneladas de carbono por ano, em toda a área estuarina); e de algas macrófitas, representadas sobretudo pela bodelha Fucus vesiculosus, pela alface-do-mar Ulva lactuca e pela gracilaria Gracilaria verrucosa (produção primária estimada em 4.000 toneladas de carbono por ano, em toda a área estuarina).
No ambiente terrestre (mouchões, Lezíria Sul e área de Pancas), a vegetação natural é constituída sobretudo por espécies herbáceas que formam pastagens naturais ou crescem espontaneamente nas orlas dos campos cultivados, pastagens naturais, restolhos e fases iniciais de cultivo. Espécies arbustivas e arbóreas desenvolvem-se numa estreita faixa arenosa que atravessa os campos argilosos da lezíria a jusante do Sorraia, assim como na sebe semi-natural que delimita os terraços plistocénicos no limite nascente desta Área Protegida.
LISTA DE ESPÉCIES
Suaeda vera Aster tripolium
Inula crithmoides Limonium sp.
Scirpus maritimus Phragmites australis
Fucus vesiculosus Ulva lactuca