Geologia e Geomorfologia
Nos finais do Terciário e início do Quaternário o estuário do Tejo teria tido características diferentes. Seria muito provavelmente um estuário de águas pouco profundas e pantanosas que constituíam um sistema deltaico entrecortado por inúmeros canais. Actualmente a sua morfologia é bem diferente, apresentando uma forma irregular e recortes caprichosos, evidenciando uma evolução complexa.
Estruturalmente o estuário do Tejo apresenta uma geometria e parâmetros morfológicos bastante variáveis, podendo ser dividido em quatro zonas distintas.
A zona mais a montante tem uma morfologia deltaica resultante da sedimentação de aluviões modernos e estende-se desde Vila Franca de Xira até à linha de Alcochete/Sacavém. Esta região do estuário é caracterizada por um sistema de mouchões, esteiros e grandes espraiados de maré.
Segue-se-lhe uma área conhecida por Mar-da-Palha, que se estende até ao Cais do Sodré. Mais profunda que a anterior, esta é a maior zona do estuário e constitui uma espécie de mar interior onde vêm desaguar alguns rios e ribeiras. É nas margens deste “Mar” que se localizam os grandes empreendimentos industriais que circundam o estuário. E é também nele que se fazem a maioria das travessias por barco entre as duas margens.
A terceira zona do estuário tem a forma de um canal com uma profundidade que, em alguns pontos, chega a atingir perto de 40 metros. Delimitado a norte pelos calcáreos do Cretácico e a sul pelas rochas detríticas (areias, argilitos, arenitos) do Miocénico, nas suas margens localizam-se as cidades de Lisboa e Almada.
Finalmente o estuário começa gradualmente a dar lugar às águas marinhas. É a zona terminal que forma como que uma boca, imediatamente a seguir ao canal do estuário do Tejo e pode ser delimitada até à linha Bugio/S.Julião.
A RNET, inserindo-se na zona deltaica a montante do Mar-da-Palha, apresenta assim uma certa monotonia geológica onde dominam os depósitos de aluviões modernos da Lezíria Sul e margem esquerda até Alcochete, surgindo isolados no seu limite nascente os materiais líticos de um cordão dunar e das formações plistocénicas da bacia do Tejo.

Hidrologia e Regimes Hídricos
No estuário do Tejo a maré é um factor muito importante, dado que o volume médio de maré (600 x 106 m3) é significativo face ao volume de água abaixo do nível inferior da maré (1.900 x 106 m3). Este estuário corresponde a um estuário do tipo positivo, sendo também caracterizado como um estuário parcialmente estratificado.
O caudal médio anual do rio é de cerca de 400 m3 s-1, estando sujeito a uma larga variação mensal, de 1 a 2.200 m3 s-1, tendo sido em situação de cheias registados valores de 14.000 m3 s-1.
O regime de marés é do tipo semi-diurno, sendo os tempos de enchente mais longos do que os de vazante. A amplitude da maré, medida na margem norte, é crescente desde a foz até Alverca, onde chega a atingir o máximo de aproximadamente 4,8 m, decrescendo depois até se anular na região de Muge, a cerca de 80 Km da embocadura. A amplitude média de maré é de 2,6 m, apresentando como valor mínimo 1 m.
A intrusão salina faz-se sentir até Vila Franca de Xira, a 50 Km da barra. Em regime de cheia, a salinidade da água na zona Alcochete/Poço-do-Bispo é da ordem de 10 ‰, enquanto que em regime de estiagem, com os caudais dos rios reduzidos, os seus valores podem elevar-se para 25 ‰.
A amplitude de maré observada e as características geomorfológicas da sua foz, a montante como a jusante, permitem incluir o estuário do Tejo na classe dos estuários mesotidais.

Clima
O clima da região onde se situa a Reserva Natural do Estuário do Tejo é do tipo mediterrânico, sendo Dezembro e Janeiro os meses mais frios e chuvosos e Julho e Agosto os mais quentes e secos. A temperatura média diária do ar situa-se entre 16,0 a 17,5 ºC, a precipitação média anual entre os 600 a 700 mm e a insolação média anual entre 2.900 e as 3.000 horas. Os ventos predominantes vêm do quadrante Norte.
