ESTUÁRIO
O corpo central de águas estuarinas, permanentemente submerso, é zona importante para a manutenção dos stocks de pescado costeiros, nomeadamente por representar uma zona de nursery de alguns peixes como o robalo Dicentrarchus labrax e os linguados Solea solea e Solea senegalensis. Apresenta ainda condições para a desova e crescimento de espécies como a corvina Argyrosomus regius e efectivos da população costeira do biqueirão ou anchova Engraulis encrasicolus. É zona de transição para peixes diádromos onde se incluem a lampreia-do-mar Petromyzon marinus, a lampreia-do-rio Lampetra fluviatilis, o sável Alosa alosa e a savelha Alosa fallax, assim como a enguia Anguilla anguilla.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Bancos de areia permanentemente cobertos por água do mar pouco profunda (1110).
- Estuários (1130).
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CAMPOS DE VASA
As grandes extensões de lama, sujeitas à acção das marés, são formadas pelo depósito de finíssimas partículas em suspensão transportadas pelas águas. Albergam vários macroinvertebrados bentónicos, sendo as espécies mais comuns o poliqueta Nereis diversicolor, o bivalve Scrobicularia plana, o gastrópode Hydrobia ulvae e o isópode Cyathura carinata. Este consumidores primários que consomem algas microscópicas e de partículas de plantas e animais em decomposição, servem, por sua vez, de alimento aos peixes, na maré-cheia, e às aves, na maré vazia. O suporte alimentar que este habitat proporciona aos milhares de aves limícolas fundamenta o valor do estuário com santuário da vida selvagem.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Lodaçais e areiais a descoberto na maré baixa (1140).
- Vegetação anual das zonas de acumulação de detritos pela maré (1210).
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SAPAL
A partir de determinada cota, as zonas de vasa estuarina são colonizadas por vegetação halófila, própria de terrenos salgados, formando o sapal. Longe da uniformidade que apresenta ao olhar, é colonizado por várias espécies vegetais e sulcado por inúmeros canais e esteiros formados devido ao incessante avanço e recuo das marés. Os sapais são habitat natural de várias espécies de peixes, aves migradoras e de micromamíferos (musaranhos, ratos e ratazanas). Apresentam grande abundância de crustáceos constituindo nichos ecológicos de desenvolvimento de diversas formas larvares. Os anatídeos, particularmente a marrequinha Anas crecca, o ganso-bravo Anser anser e a piadeira Anas penelope, utilizam essencialmente a vegetação de sapal como fonte alimentar.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Vegetação pioneira de Salicornia e de outras espécies anuais das zonas lodosas e arenosas (1310).
- Prados de Spartina (Spartinion marritimae) (1320).
- Matos halófilos mediterrânicas e termoatlânticos (Sacornetea fructicosi)(1420).
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CANIÇAL
As manchas de caniço Phragmites australis, também denominadas de caniçais, desenvolvem-se nas zonas superiores do estuário onde a salinidade das águas é baixa. Constituem um biótopo que se reveste de grande importância para a conservação de algumas espécies de aves, nomeadamente os rouxinóis-dos-caniços Acrocephalus scirpaceus e Acrocephalus arundinaceus, a cigarrinha-ruiva Locustella luscinioides, a garça-vermelha Ardea purpurea, o garçote Ixobrichus minutus e a águia-sapeira Circus aeruginosus que os utilizam preferencialmente como local de nidificação.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Prados salgados mediterrânicos (Juncetalia maritimi) (1410).
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SALINAS
As salinas são estruturas físicas concebidas e concretizadas no terreno para a obtenção de sal. A disposição e sequência dos vários tanques de diferente profundidade que se compõem e por onde vai transitando a água salgada proveniente do estuário, concentrando os vários sais dissolvidos e depositando-os depois, selectivamente, proporciona o aparecimento de algumas espécies de peixes e camarões Palaemonetes varians no primeiro tanque, também chamado de reservatório ou viveiro, e de larvas de insectos, pequenos coleópteros, pequenos crustáceos com a artémia Artemia sp. nos demais tanques sobretudo nos cristalizadores. Esta disponibilidade alimentar e a condição de áreas abrigadas, decorrente da sua localização em antigas zonas de sapal, conduziram à sua eleição como habitat de refúgio e alimentação durante o Inverno, na maré-alta, para várias espécies. No período de Primavera/Verão, funcionam como local privilegiado de nidificação de limícolas.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Vegetação pioneira de Salicornia e de outras espécies anuais das zonas lodosas e arenosas (1310).
- Matos halófilos mediterrânicas e termoatlânticos (Sacornetea fructicosi)(1420).
- Matos halonitrófilos (Salsolo-Peganetalia) (1430).
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LEZÍRIA
A Lezíria é uma planura resultante de áreas conquistadas ao leito do estuário, formadas pelos aluviões que aí se foram depositando ao longo de séculos. O conjunto é protegido pela acção das marés e das cheias por um sistema de taludes e comportas que, associado a uma vasta rede de canais de escoamento de diversas dimensões, permite minorar o alagamento dos terrenos durante o período mais chuvoso. O sisão Tetrax tetrax é a mais representativa das aves estepárias presentes na lezíria, onde, além de uma população invernante possui outra, menos numerosa, nidificante. Esta espécie consome, essencialmente as partes vegetativas das plantas da lezíria e invertebrados. Outras espécies características que aqui também se alimentam são o peneireiro-cinzento Elanus caeruleus e o ganso-comum Anser anser.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Estepes salgadas mediterrâneas (Limonietalia) (1510*)
- Lagos eutróficos naturais com vegetação do tipo Magnopotamion ou Hydrocharition (3150).
- Lagos e charcos distróficos naturais (3160).
- Charcos temporários mediterrânicos (3170*).
- Cursos de água dos pisos basal a montano com vegetação da Ranunculion fluitantis e da Callitricho-Batrachion (3270).
- Cursos de água mediterrânicos permanentes da Paspalo-Agrostidion com cortinas arbórias ribeirinhas de Salix e Populus alba (3280).
- Charnecas secas europeias (4030).
- Montados de Quercus spp. de folha perene (6310).
- Pradarias húmidas mediterrâneas de ervas altas da Molinio-Holoschoenion (6310).
- Freixiais termófilos de Fraxinus angustifolia (91B0).
- Florestas-galerias de Salix alba e Populus alba (92A0).
- Florestas de Quercus suber (9330).