É constituída essencialmente por um conjunto de ecossistemas litorais e sub-litorais, incluíndo como elementos fundamentais os sistemas lagunares de Santo André e da Sancha. Marginando ambas as lagoas ocorre um conjunto diversificado de ecossistemas aquáticos e ribeirinhos influenciados, em maior ou menor grau, pelas águas doces e salobras, incluíndo pequenas áreas de sapal, salgueirais, caniçais, juncais, urzais palustres e pastagens húmidas.

A classificação como Área Protegida teve como principal objectivo a conservação do elevado valor ecológico destas duas zonas húmidas e das suas áreas envolventes, nomeadamente enquanto áreas importantes para a reprodução, invernada e migração de aves.

O estatuto de protecção visa também a protecção do complexo dunar envolvente e da faixa marítima adjacente que alberga uma fauna marinha característica