A Reserva Natural das Lagoas de Santo André e da Sancha constitui uma das unidades paisagísticas do Sítio da Rede Natura "Comporta/Galé".
De acordo com os critérios da “Directiva Habitats”, (92/43/CEE) transposta pelo Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril, alterado pelo Decreto-Lei n.º 49/2005, de 24 de Fevereiro, estão reconhecidos na Reserva Natural os seguintes habitats:
1140 - Lodaçais e areais a descoberto na maré baixa.
1150* - Lagunas costeiras.
1210 - Vegetação anual das zonas de acumulação de detritos pela maré.
1310 - Vegetação pioneira de Salicornia e outras espécies anuais das zonas lodosas e arenosas.
1320 - Prados de Spartina (Spartinion maritimae)
1410 - Prados salgados mediterrânicos (Juncetalia maritimi).
2110 - Dunas móveis embrionárias.
2120 - Dunas móveis do cordão litoral com Ammophila arenaria («dunas brancas»).
2130* - Dunas fixas com vegetação herbácea («dunas cinzentas»).
2190 - Depressões húmidas intradunares.
2230 - Dunas com prados da Malcolmietalia.
2250* - Dunas litorais com Juniperus spp.
2260 - Dunas com vegetação esclerófila da Cisto-Lavenduletalia.
2270* - Dunas com florestas de Pinus pinea e/ou Pinus pinaster.
3120 - Águas oligotróficas muito pouco mineralizadas em solos geralmente arenosos do oeste mediterrânico com Isoetes spp.
3130 - Águas estagnadas, oligotróficas a mesotróficas, com vegetação da Littorelletea uniflorae e ou da Isoeto-Nanojuncetea.
3140 - Águas oligomesotróficas calcárias com vegetação bêntica de Chara spp.
3150 - Lagos eutróficos naturais com vegetação da Magnopotamion ou da Hydrocharition.
3170* - Charcos temporários mediterrânicos.
3290 - Cursos de água mediterrânicos intermitentes da Paspalo-Agrostidion.
4020* - Charnecas húmidas atlânticas temperadas de Erica ciliaris e Erica tetralix.
4030 - Charnecas secas europeias.
6220* - Subestepes de gramíneas e anuais da Thero-Brachypodietea.
6310 - Montados de Quercus spp. de folha perene.
6410 - Pradarias com Molinia em solos calcários, turfosos e argilo-limosos (Molinion caeruleae).
6420 - Pradarias húmidas mediterrânicas de ervas altas da Molinio-Holoschoenion.
6430 - Comunidades de ervas altas higrófilas das orlas basais e dos pisos montano a alpino.
9240 - Carvalhais ibéricos de Quercus faginea e Quercus canariensis.
92A0 - Florestas-galerias de Salix alba e Populus alba.
92D0 - Galerias e matos ribeirinhos meridionais (Nerio -Tamaricetea e Securinegion tinctoriae).
9330 - Florestas de Quercus suber.
* Habitats prioritários