A Flora é a base de qualquer ecossistema, constituindo dessa forma um elemento essencial na manutenção da homeostasia nas relações entre os seres vivos. O seu conhecimento permite prever o tipo de organismos que utilizam o estrato vegetativo nas suas actividades vitais, e dessa forma proteger habitats e espécies de maior interesse conservacionista.

0 Litoral

A vegetação dunar apresenta características únicas em virtude das condições extremamente difíceis e agrestes onde ocorre. Assim, esta é muito singular devido às adaptações que ocorreram ao longo da evolução para ser possível suportar essas mesmas condições.A vegetação natural é de extrema importância na fixação de areias durante o processo de formação dunar. Na zona pré-dunar encontramos a eruca marítima (Cakile maritimum), e o cardo-marinho (Eryngium maritimum); na zona dunar, propriamente dita, encontra-se de novo o cardo-marinho, o feno-das-areias (Elymus farctus) o estorno (Ammophila arenaria), uma das espécies mais emblemáticas a nível da estabilização dunar, e ainda os cordeirinhos-da-praia (Otanthus maritimus). Na zona de transição para o mato pode observar-se o desenvolvimento do Cistus salvifolius. Observam-se também várias espécies exóticas, tal como o chorão (Carpobrotus edulis) e a acácia (Acacia longifolia), que foram introduzidas com o objectivo de fixar as areias dunares. A sua expansão monopolizou a flora existente, empobrecendo assim a biodiversidade. Em muitas áreas teve como consequência a eliminação total ou parcial da vegetação natural. 

 
Ammophila arenaria                   Anagallis monelli
 
Malcomia littorea                        Linaria polygalifolia

Os Pinhais

Mais para o interior, surgem os povoamentos de pinheiro (Pinus pinea e/ou Pinus pinaster) que devido ao avanço do mar se encontram com graves problemas relacionados com a salinização dos lençóis freáticos. As maiores manchas de pinhal no sistema dunar podem ser observadas na zona da Apúlia e Fão, predominando, quase exclusivamente, o Pinheiro bravo (Pinus pinaster).
Nas zonas de pinhal surgem áreas de Florestas ripícolas de Alnus glutinosa e Carvalhal onde podemos encontrar espécies como o Carvalho roble (Quercus robur), Sobreiro (Quercus suber), Loureiro (Laurus nobilis), Amieiro (Alnus glutinosa) ou Pilriteiro (Crataegus monogyna). 

   
Pinus pinaster                             Laurus nobilis 
Alnus glutinosa                           Crataegus monogyna  

Os estuários

Nos estuários, a mistura de água doce do rio e com a água salgada do oceano provoca a ocorrência de deposição de sedimentos que permite o desenvolvimento de vegetação aquática específica.
Nas zonas húmidas ribeirinhas de sapais e salgados, onde as marés e os níveis de salinidade são determinantes, verifica-se a predominância de espécies adaptadas ao sal, chamadas halófitas. No “alto sapal”, mais longe da linha de água ou nos taludes das marinhas, domina a salgadeira (Atriplex halimus); mais abaixo surgem as gramatas Salicornea europaea, Sarcocornia ramosissima e Halimione portucaloides e finalmente pode surgir, na zona que fica submersa com as marés, a Spartina maritima
Os prados salgados e os matos halófitos são os habitats que ocorrem em maior abundância, em especial no rio Cávado, onde surgem espécies como o junco (Juncus acutus) e a Arméria (Armeria marítima).

 
Juncus acutus                            Armeria marítima
 
Salicornea europaea                  Halimione portucaloides