Mar

O domínio marinho do PNLN é caracterizado por um substrato rochoso com afloramentos que podem ultrapassar os 18 metros de altura, formando uma vasta área de baixios que caracteriza a zona marinha. Nas primeiras 2,5 milhas marítimas deste segmento costeiro as profundidades não ultrapassam os 50 metros. A primeira milha marítima é caracterizada pela ocorrência de numerosos baixios como os Cavalos de Fão e a Pena. 
As águas frias e ricas em nutrientes suportam uma miríade de organismos, podendo observar-se representantes de todos os grupos taxonómicos que aqui encontram alimento e protecção.
Os bosques de laminárias e a rica fauna de espongiários e cnidários, bem como diversas espécies de peixes, que se encontram, em regra, em costas varridas pelas ondas, caracterizam a zona permanentemente submersa do litoral Norte.

Recifes

Os recifes são substratos rochosos submarinos ou expostos durante a maré baixa que emergem do fundo marinho na zona sublitoral mas que por vezes se estendem à zona litoral. Esta zona restrita de transição, onde os limites do mar e da terra se confundem ao ritmo das marés, suporta comunidades bênticas de enorme biodiversidade, bem adaptadas às condições ambientais extremas
Este habitat pode ser observado ao longo da costa, destacando-se em especial os recifes de Apúlia e Fão de que são exemplo os denominados Cavalos de Fão, bem como na parte Norte deste Parque Natural (freguesias de Mar e Belinho) onde existem extensos afloramentos rochosos, onde se torna bem visível o fenómeno da zonação de seres vivos que superiormente forma «cinturas» de cracas e lapas, seguidas de mexilhões e ouriços-do-mar, recifes de barroeira e, por fim, autênticos bosques de laminárias.

Dunas

Os sistemas dunares do segmento costeiro de Esposende, gerados durante a Pequena Idade do Gelo que ocorreu entre os séculos XV-XVI, resultam da diminuição da capacidade de transporte das areias pelo vento devido a obstáculos que encontram no seu trajecto. Forma-se assim uma plataforma arenosa dominada pelo Feno-das-areias (Elymos farctus), designada por duna embrionária. Na sua retaguarda encontra-se a duna primária, dominada pelo Estorno (Ammophila arenaria). Para o interior e ao abrigo desta surge a duna secundária povoada por espécies diversas.
As dunas constituem abrigo para espécies animais e vegetais e também um importante elemento de protecção de habitats interiores.
A importância da vegetação dunar deve ser realçada pelo seu papel estabilizador das areias litorais, que se torna cada vez mais importante devido ao défice de sedimentos que se têm verificado no concelho de Esposende.

Estuários

Os estuários do rio Cávado e o pequeno estuário do rio Neiva constituem um recurso natural de notável importância. Para além do corpo central das águas estuarinas, permanentemente submerso, são as zonas entre marés, com as suas áreas de vasa, sapais e bancos de areia que albergam alguns dos habitats mais significativos do PNLN.
Os prados salgados e os matos halófitos são os habitats que ocorrem em maior abundância, em especial no rio Cávado, onde surgem espécies como o junco (Juncus acutus) e a Arméria (Armeria marítima).
A zona estuarina é utilizada principalmente por espécies no período migratório e de invernada. Diversas espécies como patos e pilritos utilizam este habitat, principalmente como local de refúgio no Inverno. Espécies como a Lontra (Lutra lutra) utilizam este biótopo durante todo o ano.

Os estuários fornecem, também, alimento e habitat a uma gama variada de fauna ictiológica. As vastas zonas de baixa profundidade localizadas no seu interior, oferecem protecção à ictiofauna juvenil. Pela sua importância podemos destacar espécies como a lampreia  (Petromyzon marinus) e a enguia (Anguilla anguilla). No Estuário foram detectadas, com alguma regularidade, 53 espécies de fauna vertebrada. Este foi o habitat onde foram detectadas mais espécies consideradas prioritárias para a Conservação da Natureza (16).

Laguna costeira / caniçal

Esta lagoa é uma zona húmida que apresenta uma grande variedade de salinidade e volume de água, separada do mar pelo sistema dunar, existindo no entanto uma ligação a este por intermédio de um canal subterrâneo.
A sua vegetação é constituída principalmente por Caniço (Phragmites australis), rodeado por uma floresta de salgueiros (Salix antrocinerea), o que constitui um local com características raras em todo o litoral norte.
Um vasto conjunto de espécies de avifauna utiliza este local para repousar e para se alimentar durante o período migratório, enquanto que outras o utilizam para se reproduzirem ou como local de invernada.
 Este habitat é considerado prioritário pela Directiva Habitats.


Floresta