Os habitats que se apresentam são relativos ao Sítio Malcata, já que este engloba a totalidade da área da RNSM, estendendo-se até ao Concelho de Almeida.
No Sítio podem ser observados exemplos bem conservados de manchas arbóreas. Nas zonas setentrionais, de natureza supra-mediterrânica, dominam os bosques de carvalho-negral (Quercus pyrenaica), enquanto que áreas caracteristicamente meso e termo-mediterrânicas surgem pequenos núcleos de azinhal (Quercus rotundifolia) e de sobreiral (Quercus suber). Importantes são também as zonas de montado e de freixiais não ripícolas. Ao longo das linhas de água merecem referência as formações ripícolas dominadas por amieiros, um habitat prioritário.
Deve ser ainda assinalada a ocorrência de charcos temporários mediterrânicos, de lameiros meso-higrófilos de feno e de comunidades de caldoneira (Echinospartum ibericum), um endemismo ibérico.
Habitats naturais e semi-naturais constantes do anexo B-I do Decreto-Lei nº 49/2005:
• *Charcos temporários mediterrânicos
Cursos de água corrente com com comunidades de macrófitos aquáticos dulceaquícolas da Ranunculion fluitantis e da Callitricho-Batrachion.
• Cursos de água mediterrânicos permanentes da Paspalo-Agrostidion com cortinas arbóreas ribeirinhas de Salix e Populus alba
• Cursos de água mediterrânicos intermitentes com arrelvados higronitrófilos da Paspalo-Agrostidion
• Matos baixos de ericáceas e/ou tojos, mesófilos ou xerófilos, de substratos duros.
• Matos baixos espinhosos orófilos mediterrânicos.
• Matagais altos e matos baixos meso-xerófilos mediterrânicos.
• Arrelvados xerófilos*.
• Montado de sobro ou montado de azinho (consoante seja dominado por Quercus suber ou Quercus rotundifolia respectivamente).
• Prados de Molinia caerulea e juncais não nitrófilos.
• Lameiros meso-higrófilos de feno.
• Vertentes rochosas siliciosas com vegetação casmofítica
• Superfícies rochosas com vegetação pioneira crassifólia não calcícola.
• Freixiais.
• Bosques ripícolas ou paludosos de amieiros, salgueiros ou bidoeiros*.
• Carvalhais de Quercus robur e/ou de Quercus pyrenaica
• Galerias ribeirinhas mediterrânicas dominadas por choupos e/ou salgueiros.
• Bosques de sobreiro.
• Bosques de Quercus rotundifolia.
* habitats prioritários
(In: Plano Sectorial da Rede Natura 2000 Vol. I)