Várias circunstâncias concorreram para que o território do PNM chegasse aos dias de hoje encerrando uma biodiversidade diferencial no contexto do espaço nacional, ibérico e europeu. À sua situação particular de ecotono entre o meridional bioma mediterrânico e as particularidades eurosiberianas proporcionadas pelo prolongamento Sul das cordilheiras atlânticas da Península Ibérica, junta-se o seu carácter periférico relativamente aos grandes eixos de desenvolvimento urbano de Portugal e Espanha, preservando comunidades e habitats com carácter sustentável praticamente inexistentes nos âmbitos temporais e espaciais que enquadram o PNM. Por outro lado, destaca-se uma base também diversificada, tanto do ponto de vista do sua história geológica, como do seu carácter de montanha condicionador do clima, hidrologia e solo.
Nas componentes vegetal, fúngica e animal dos valores naturais do PNM destacam-se as biocenoses características de litologias raras presentes neste território, como sejam as relativas aos afloramentos ultrabásicos, assim como maciços consideráveis de bosques caracteristicamente climácicos, e de comunidades arbóreas ripícolas, a grande riqueza do micota do PNM, principalmente o seu carácter inovador ao nível da sua conservação, e a fauna, especialmente rica e diversificada, quer ao nível dos mamíferos, quer ao nível das aves ou mesmo dos répteis. Tal riqueza é ainda complementada por importante fauna semi-aquática de espécies com estatuto privilegiado em termos de conservação da natureza.
No seu conjunto, estes componentes – flora e vegetação, fungos e fauna – preenchem o valor natural do PNM com tanto de raro como de funcional.