Na RNPA ocorre uma interessante diversidade de Habitats Naturais constantes do Anexo I da Directiva Habitats (anexo B-I do Dec. Lei n.º 49/2005), incluindo dois habitats prioritários.

Habitats de água doce
Águas paradas

3130 - Águas estagnadas, oligotróficas a mesotróficas, com vegetação da Littorelletea uniflorae e ou da Isoëto-Nanojuncetea.
3150 - Lagos eutróficos naturais com vegetação da Magnopotamion ou da Hydrocharition.

Águas correntes — Troços de cursos de água com dinâmica natural e seminatural (leitos pequenos, médios e grandes) em que a qualidade da água não sofre mudanças significativas

3270 - Cursos de água de margens vasosas com vegetação da Chenopodion rubri p. p. e da Bidention p. p.

Charnecas e matos das zonas temperadas

4020* - Charnecas húmidas atlânticas temperadas de Erica ciliaris e Erica tetralix
4030 - Charnecas secas europeias

Formações herbáceas naturais e seminaturais
Pradarias húmidas seminaturais de ervas altas

6430 - Comunidades de ervas altas higrófilas das orlas basais e dos pisos montano a alpino.

Florestas
Florestas da Europa temperada

91E0* -Florestas aluviais de Alnus glutinosa e Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae).

Florestas mediterrânicas caducifólias

9230 - Carvalhais galaico-portugueses de Quercus robur e Quercus pyrenaica
9240 - Carvalhais ibéricos de Quercus faginea e Quercus canariensis.
92A0 - Florestas-galerias de Salix alba e Populus alba

Nota: habitats prioritários assinalados com asterisco (*)