As aves constituem o principal valor do Paul do Boquilobo, razão da sua classificação como Reserva Natural pelo Decreto-Lei nº 198/80, de 24 de Junho. Esta Área Protegida alberga uma importante colónia de garças e colhereiros, vindas em parte do continente africano, e recebe populações de anatídeos do Norte da Europa. É ponto importante nas migrações outonais de passeriformes e nela ocorrem ou nidificam algumas espécies raras em Portugal.

O reconhecimento desta Área Protegida pelo Governo Português permitiu travar a drenagem e aproveitamento agrícola integral que se verificavam aquando da sua criação.