Na Reserva Natural do Paul do Boquilobo as formações vegetais são dominadas por espécies associadas a ambientes húmidos, verificando-se variações na sua distribuição consoante o regime hídrico.
As principais linhas de água revestem-se de galerias ripícolas arbóreas com salgueiros (salgueiro-branco Salix alba, salgueiro-frágil Salix fragilis, salgueiro-vermelho Salix rubens), à qual se associam freixos Fraxinus angustifolia e choupos Populus nigra.
Nas várzeas inundáveis dominam espécies de porte arbustivo como o bunho Scirpus lacustris ssp. lacustris, o caniço Phragmites australis, a tabúa Typha dominguensis, a espadana Sparganium erectum ssp. negletum, arrelvados rasteiros de graminhão Paspalum paspalodes e o lírio-amarelo Iris pseudacorus.
É ainda de referir a existência pontual de espécies típicas de ambientes salobros como é o caso da Tamargueira Tamarix africana e do junção Scirpus maritimus.
Em áreas com água de carácter mais permanente, encontram-se por exemplo, espécies como a mal-casada Polygonum amphibium com as suas partes imersas flutuantes e, em áreas mais baixas, os ranúnculos Ranunculus bandotii, Ranunculus bulbosus e Ranunculus trilobus.
As zonas de cultura florestal, o choupal, eucaliptal e montado são igualmente biótopos a considerar. Este último, formação esclerófila, encontra-se localizado numa área não sujeita a alagamento. É constituída praticamente na sua totalidade por sobreiro Quercus suber, com alguns exemplares de Azinheira Quercus rotundifolia e Carvalho-cerquinho Quercus faginea, onde o subcoberto é praticamente constituído por espécies nitrófilas devido à anterior utilização agro-pastoril. O seu principal interesse deves-se ao facto de se tratar de uma formação pouco comum nesta região, uma vez que este tipo de habitat tem vindo a ser substituído por eucaliptos e culturas arvenses como é o caso do girassol e do milho.
Há a salientar a existência de espécies endémicas nesta Área Protegida como a borrazeira-branca Salix salvifolia (endemismo da Península Ibérica e do norte de África), abrunheiro-bravo Prunus spinosa (endemismo de Portugal Continental), a gilbardeira Ruscus aculeatus (endemismo europeu, espécie do Anexo B-V da Directiva Habitats), e o Narcissus bulbocodium (endemismo da Península Ibérica e Norte de África).
Algumas espécies não autóctones, aproveitando condições especiais do meio e a abundância de nutrientes, adquirem comportamento infestante, como são os casos do jacinto-de-água Eichornia crassipes, do carrapiço Xanthium strumarium, da figueira-do-inferno Datura stramonium e do malvão Abutillon theophrasti. À excepção da primeira, as restantes são espécies nitrófilas, oportunistas e de grande plasticidade, resultantes de uma prática agrícola intensa. A colonização, na região, de jacinto-de-água, macrófita aquática originária da América do Sul, teve início provável nos anos setenta e a sua introdução esteve relacionada com o seu valor ornamental. As condições do meio que favorecem o desenvolvimento desta planta estão relacionadas com a má qualidade da água pelo excesso de nutrientes. A sua presença provoca a formação de extensas manchas à superfície da água, impedindo o desenvolvimento de outros produtores, condicionando assim a oxigenação e reduzindo ao mesmo tempo o potencial biótico de todo o ecossistema.