Geologia e Geomorfologia
O Paul do Boquilobo localiza-se sobre depósitos Quaternários da Bacia Mesocenosóica do Tejo, abrangendo aluviões Olocénicos bem como terraços fluviais Plistócenicos designados por Charneca (cotas mais elevadas) ou Espargal (cotas mais baixas).
Hidrologia e Regimes Hídricos
Esta Área Protegida, com cotas mais baixas que as áreas circundantes, está sujeita a grandes flutuações sazonais do nível de água.
Da queda pluviométrica, do caudal e transbordo dos rios Almonda e Tejo, da abertura e fecho das comportas (portas de água), depende a extensão, níveis e períodos de inundação. Estes iniciam-se geralmente em Outubro-Novembro, podendo atingir uma profundidade de 5 ou 6 metros nas cotas mais baixas. A área inundada diminui progressivamente a partir da Primavera, circunscrevendo-se a algumas várzeas, valas e linha de água no Verão.
Quando a extensão de terreno inundada restringe-se a uma reduzida zona central do próprio paul e valas, o nível hídrico é cerca de 1,0 metro. À medida que este aumenta, observa-se o gradual aumento do perímetro inundado, correspondendo primeiro ao encharcamento das várzeas contíguas e outras pequenas depressões existentes por toda a Reserva. A partir do nível de 3,5 metros, verifica-se o alagamento de praticamente toda a área Protegida, à excepção das duas zonas de maior altitude. A amplitude do nível da água pode atingir, em anos excepcionais, cerca de 5 metros, estando as inundações particularmente influenciadas pela gestão das barragens de controlo de cheias existentes na bacia hidrográfica do rio Tejo.
Clima
O clima caracteriza-se por constituir uma peculiar transição entre as condições mediterrâneas e atlânticas, sendo por isso húmido, de temperaturas médias e com grande deficiência de água no Verão.
