CURSO DE ÁGUA
O curso de água é uma zona importante principalmente pela ocorrência de dois endemismos lusitânicos, o ruivaco Rutilus macrolepidotus e a boga-portuguesa Chondrostoma lusitanicum.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Lagos eutróficos naturais com vegetação da Magnopotamions ou da Hydrocharitions (3150).
- Cursos de água dos pisos basal a montano com vegetação de Ranunculion fluitantis e de Callitricho-Batrachion (3260).
- Cursos de água de margens vasosas com vegetação de Chenopodion rubri p.p. e de Bidention p.p. (3270).
- Cursos de água mediterrânicos permanentes com Paspalo-Agrostidion e com cortinas arbóreas ribeirinhas de Salix e Populus alba (3280).
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BUNHAL/CANIÇAL

Este tipo de vegetação forma um dos locais onde se instalam as colónias de garças e o colhereiro Platalea laucorodia que nidificam nesta Área Protegida. Além disso, é importante para os passeriformes migradores que ocorrem nesta Reserva.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Pradarias húmidas mediterrânicas de ervas altas de Molinio-Holoschoenion (6420).
- Comunidades de ervas altas hidrófilas das orlas basais e dos pisos montano a alpino (6430).
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SALGUEIRAL

Comunidades vegetais mais frequentes desta zona húmida, que revestem as principais linhas de água.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Freixiais termófilos de Fraxinus angustifolia (91B0).
- Florestas-galerias de Salix alba e Populus alba (92A0).
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MONTADO DE SOBRO

Nos terraços fluviais e nas zonas de transição para as zonas húmidas surgem formações vestigiais de vegetação com características mediterrâneas como o sobreiro Quercus suber. Esta zona é especialmente importante para alguns mamíferos e répteis desta Área Protegida.
Habitats naturais do Anexo I da Directiva Habitats:
- Montados de Quercus spp. de folha perene (6310).