As condições de formação e a dinâmica geomorfológica das dunas revelam que estas são estruturas instáveis. A proximidade do mar actua como factor fortemente selectivo na instalação e crescimento da sua vegetação. Aparentemente simples, este meio é, na realidade, deveras complexo e precário. Não é por acaso que, no lado virado ao mar, se observa tão grande pobreza florística: as plantas costeiras estão sujeitas a ventos fortes carregados de partículas de sal, a luminosidades excessivas, a amplitudes térmicas que vão do sol escaldante do verão ao frio cortante do inverno. Isto provoca apreciável transpiração na planta, o que, conjugado com a grande permeabilidade do solo dunar, que deixa infiltrar rapidamente a água que nele cai, irremediavelmente a condena a um ambiente hostil de xerofitismo, ou seja, a um ambiente em que prevalecem as condições de secura. A esta é preciso resistir, para sobreviver. E, na verdade, as plantas psamófitas, que vivem nas areias, sobrevivem porque desenvolveram adaptações mais ou menos profundas que impedem sobretudo as perdas excessivas de água. Todavia, não é só contra a dessecação que a planta luta; ela tem também que fazer frente ao soterramento, quando os ventos fortes ou constantes, vindos do mar, empurram as areias da praia para o interior.

A primeira duna que se nos depara, chamada anteduna ou duna avançada, relativamente baixa e bastante instável, mostra, na parte virada ao mar e quase ao limite superior das marés, uma associação de Cakile maritima Scop. e Salsola kali L.; já mais para o topo, Elymus farctus (Viv.) RUNEMARCK EX MELDERIS e, por vezes, Euphorbia paralias L. e E. peplis L. A vegetação nesta estreita faixa está muito espaçada e o vento movimenta facilmente as areias, que arrasta para o interior; não obstante a curta distância transposta, o novo local onde elas se depositam é mais acolhedor, sofre menos severamente os efeitos do vento e a aragem chega lá menos salgada. Criam-se condições, se não favoráveis, pelo menos mais favoráveis para a fixação de outras plantas; por sua vez, estas vão, por modos diversos, reter mais areias. Juntamente com Elymus farctus surge agora a outra grande edificadora de dunas e pioneira na sua colonização: Ammophila arenaria (L.) LINK, vulgarmente chamada estorno. Acompanham-na ainda Euphorbia paralias e já podem aqui ver-se os cordeirinhos da praia, Otanthus maritimus (L.) HOFFMANNS. & LINK. Assim cresce a duna, com composição florística mais rica e variada.

estorno (Ammophila arenaria)


cordeirinhos da praia (Otanthus maritimus)

Atingido o topo podem encontrar-se Calystegia soldanella (L.) R. BR., cujas sementes, bastante pesadas, se enterram facilmente, desta forma compensando factores adversos à sobrevivência da espécie, Lotus creticus L., Eryngium maritimum L., Crucianella maiítima L. Pancratium maritimum L., a par com Ammophila arenaria que, aliás, cresce um pouco por todo o lado, em povoamentos mais ou menos densos, conforme a área em que se estabeleceu.

Na face interior desta duna e no interdunar que se lhe segue, em terreno já definitivamente fixado, ao lado de algumas das espécies já citadas outras se vêm juntar à lista de psamófitas: Helichrysum italicum (ROTH) G. DON FIL., Pseudorlaya pumila (L.) GRANDE, Thymus carnosus BOISS., Armeria pungens (LINK) HOFFMANNS. & LINK, Artemisia campestris L. subsp. maritima ARCANGELI, Anthemis maritima L., Corynephorus canescens (L.), BEAUV., Linaria lamarckii ROUY e L. pedunculata (L.) CHAZ., Reichardia gaditana (WILLK.) COUT. ou Silene nicaeensis ALL., isto para mencionar apenas as mais abundantes ou conspícuas. Não será demais salientar que Thymus carnosus é um endemismo português, quer dizer, esta planta existe exclusivamente em Portugal e, aqui, somente no Alentejo, e Algarve. É aquele pequeno tufo verde escuro, de porte amoitado, que, mais do que qualquer outra planta das dunas, quando esmagado deixa à sua volta um intenso e agradável perfume um tanto semelhante ao da lavanda.

Thymus carnosus

As areias fixadas do interdunar oferecem boas condições para o crescimento de prostradas, de sistema radicular bastante curto, folhas em regra pequenas, que se espalham em amplas manchas arredondadas. São exemplos Paronychia argentea LAM., Ononis variegata L., Medicago littoralis LOISEL., Polygonum maritimum L. ou Hypecoum procumbens L., outra espécie que ocorre apenas no Algarve. No limite para o sub-bosque salientam-se Anagallis monelli L., bonita prostrada de flores intensamente azuis, Linaria spartea (L.) WILLD., Scrophularia frutescens L., Cleome violacea L., Corrigiola littoralis L., Aetheorhiza bulbosa (L.) CASS. e Pycnocomon rutifolium (VAHL) HOFFMANNS. & LINK, esta também confinada ao Algarve e alguns poucos mais locais da Europa mediterrânica.

Vegetação de sapal
Os sapais originam-se em zonas costeiras de águas calmas. O reduzido fluxo das marés facilita a deposição dos detritos e sedimentos em suspensão e assim vão surgindo bancos de vasa onde, a certa altura, há substrato para a vegetação. A colonização tem como pioneira uma Gramínea do género Spartina (na Ria Formosa, S. maritima (CURTIS) FERNALD), que suporta longos períodos de submersão e, por isso mesmo, se instala nas zonas de mais baixa cota, onde forma vastos "prados" de cor verde escura no meio das águas, e que constituem o baixo sapal ou parchal.

"Prado" de Spartina maritima

Uma vez estabelecido, a vegetação amortece a força da corrente e a sedimentação acelera-se; ao mesmo tempo, retirando humidade às vasas através do sistema radicular, acaba por as consolidar. Onde o substrato é menos resistente à acção erosiva das águas formam-se os típicos canais e regueiras que sulcam o sapal num emaranhado dendrítico.

A contínua acumulação de sedimentos eleva consideravelmente o nível dos fundos, com a consequente redução do tempo de submersão e do teor salino. O resultado final são as modificações graduais na vegetação, numa sucessão que vai originar a zonação que se observa nos sapais. Ainda no sapal baixo mas em fundos um pouco mais elevados, Spartina pode aparecer acompanhada por Arthrocnemum perenne (MILLER) MOSS, só ou em associação com outras Quenopodiáceas como Salicornia nitens P. W. BALL & TUTIN, Suaeda maritima (L.) DUMORT. e Atriplex portulacoides L., e uma Plumbaginácea, Limonium algarvense ERBEN, que constitui um endemismo algarvio.
Já no sapal médio, as espécies anteriores vão sendo gradualmente substituídas por Arthrocnemum fruticosum (L.) MOQ. e A. glaucum (DELILE) UNG.STERNB. e, por fim, Suaeda vera J. F. GMELIN.
É evidente que, consoante os locais, há uma certa variação na composição florística.
Amplas porções da orla do sapal alto surgem dominadas por uma outra Plumbaginácea, Limoniastrum monopetalum (L.) BSS., que forma densas moitas em que sobressai a cor rosa-lilás das flores, reunidas em espiga abundante.

Limoniastrum monopetalum

À medida que o solo se torna mais firme e arejado outras Quenopodiáceas se juntam: Atriplex portulacoides L. e, conforme o solo seja argiloso ou arenoso, A. halimus L. ou Salsola vermiculata L. No limite mais exterior, Juncus spp. e Artemisia campestris L.. Parasitando Quenopodiáceas lenhosas como Atriplex, Suaeda ou Salsola, a Orobancácea Cistanche phelypaea (L.) COUTINHO, com as suas bonitas flores de um tom amarelo intenso, dispostas em espiga na parte terminal de um caule carnudo com grossa base aclavada, oferece-nos a única mancha colorida neste conjunto com tanto mortiço de cores. Não é uma planta rara; todavia, tem uma distribuição relativamente localizada: aparece apenas no sul de Portugal, Espanha e Creta.

Mata
Uma estreita faixa continental é ocupada por mata degradada e paradoxalmente bastante rica do ponto de vista florístico; albergando espécies com estatuto especial de conservação e alguns endemismos.
O bosque mediterrânico original, há muito que foi substituído pelos pinhais mistos com pinheiro bravo Pinus pinaster e pinheiro manso Pinus pinea. Apesar desta aparente monotonia visual ainda é possível observar alguns exemplares espontâneos de sobreiro Quercus suber e de zambujo Olea europea var. sylvestris, que correspondem a fragmentos do antigo bosque climácico do sobreiral termomediterrâneo, filiável no Oleo sylvestris-Querceto suberis sigmetum.

Em áreas menos perturbadas pode-se observar resquícios desse sobreiral termomediterrâneo através das etapas de substituição, como o medronheiro Arbutus unedo, tojais com Ulex argenteus subsp. subsericeus (SW da Península Ibérica: Algarve-Huelva) e diversas outras Ericaceae como a Erica umbellata e a Calluna vulgaris.

Os matos desta área, embora bastante degradados regalam o olhar do mais desatento visitante, pela ocorrência de uma grande variedade de arbustos de flores brancas como o Cistus libanotis (ocorre nas regiões costeiras do SW da Península Ibérica), Cistus ladanifer (esteva), sargaços diversos; arbustos de flores amarelas como Halimium calycinum (erva-sargacinha) Halimium halimifolium (sargaça) Genista hirsuta (tojo), Genista triacanthos (tojo molar), Stauracanthus boivinii (tojo-gatum) e a Tuberaria major (endemismo do Algarve, bastante ameaçado e com estatuto de espécie protegida).

As plantas aromáticas e medicinais "salpicam" toda a área espalhando côr e perfume, observando-se a Lavandula pedunculata subsp. lusitanica (rosmaninho), diversas espécies de tomilhos como o Thymus lotocephalus (erva ursa ou tomilho cabeçudo), que é endémico do Algarve e prioritário para a conservação, Thymus capitatus, Thymus carnosus, Thymus mastichina e Thymus tomentosus.

Rosmaninho (Lavandula pedunculata subsp. lusitanica)

São comuns as espécies termófilas dada a influência do piso termomediterrâneo, como a Chamaerops humilis (Palmeira anã), Asparagus aphyllus, Euphorbia baetica, Serratula monardii subsp. algarbiensis, Thymus lotocephalus e a própria Tuberaria major .
Ocorrem na área do Parque Natural da Ria Formosa as comunidades endémicas de Tuberario majoris-Stauracanthetum boivinii, Cistetum libanotis e a Thymo lotocephali-Coridothymetum capitati.

Vegetação ribeirinha
A parte continental é atravessada por alguns cursos de água de que se destaca a ribeira de S.Lourenço, no Ludo, importante refúgio para abundantes e variadas populações de aves aquáticas. A vegetação que cresce nas suas margens (vegetação ribeirinha) toma grande importância quando apreciada em termos do alimento e, sobretudo, do abrigo que lhes fornece. Entre a vegetação das margens e do leito dos cursos de água avultam: Typha sp. (tabúas) Tamarix africana (tamargueira) Phragmites communis (caniço), Juncus acutus (junco agudo), Fuirena pubescens, Carex riparia e C. hispida, Cladium mariscus, Callitriche stagnalis e Potamogeton spp.