Áreas de protecção total
Correspondem a espaços onde os valores naturais assumem um carácter de excepcionalidade do ponto de vista da conservação da natureza e que se caracterizam pela elevada sensibilidade ambiental.
As áreas de protecção total englobam habitats de elevada sensibilidade evalor ecológico, em geral dos domínios público e privado do Estado, nomeadamente sapais primários e sedimentos intermareais adjacentes. Estas áreas destinam-se essencialmente a salvaguardar zonas de elevada tranquilidade para as actividades de repouso, alimentação e nidificação de aves aquáticas e a garantir a manutenção dos processos naturais em estado de perturbação mínima.

Áreas de Protecção Parcial
As Áreas de Protecção Parcial subdividem-se em Tipo I e Tipo II:

Áreas de Protecção Parcial do Tipo I
As áreas de protecção parcial do tipo I correspondem a espaços que contêm valores naturais e paisagísticos que, do ponto de vista da conservação da natureza, se assumem no seu conjunto como relevantes ou, tratando-se de valores excepcionais, apresentam uma sensibilidade ecológica moderada.
As áreas de protecção parcial tipo I englobam essencialmente zonas de vegetação palustre, os sapais primários e sedimentos intermareais adjacentes não incluídos nas áreas de protecção total, as lagoas temporárias e as zonas adjacentes, os esteiros que albergam populações de aves aquáticas mais sensíveis, os bosques mediterrânicos e os matos com maior valor de conservação.
Estas áreas destinam-se a contribuir para a manutenção e valorização dos valores naturais e paisagísticos.

Áreas de Protecção Parcial do Tipo II
As áreas de protecção parcial do tipo II correspondem a espaços que contêm valores naturais e paisagísticos relevantes e de sensibilidade alta ou moderada, incluindo espaços cuja conservação requer a manutenção de usos salineiros, agrícolas ou pastoris, em regime extensivo e espaços que constituem o enquadramento ou transição para as áreas em que foram aplicados os regimes de protecção referidos nos artigos anteriores.
Na Reserva Natural a área de protecção parcial do tipo II engloba as salinas, áreas de agricultura e pastoreio extensivos, sapais secundários, esteiros não incluídos nos níveis de protecção anteriores.
Neste regime de protecção é também incluída uma faixa de 100m do leito e águas do Rio Guadiana a contar da linha da máxima preia-mar de águas vivas equinociais à cota de 2 m com referência ao nível médio do mar.
Estas áreas destinam-se a contribuir para a manutenção e valorização dos valores naturais e paisagísticos, e dos usos e actividades a eles associados.

Áreas de Protecção Complementar
Áreas de Protecção Complementar do Tipo I
As áreas de protecção complementar I correspondem a espaços que estabelecem o enquadramento, transição ou amortecimento de impactes relativamente a áreas de protecção total ou de protecção parcial, mas que também incluem elementos naturais e paisagísticos relevantes, com um elevado potencial de valorização mediante o desenvolvimento de acções de gestão adequadas;
As áreas de protecção complementar englobam as aquiculturas, as áreas de agricultura intensiva, as plantações de pinheiro-manso, e as águas e margens do rio Guadiana não incluídas nos níveis de protecção anteriores.
Este nível de protecção tem como objectivo a compatibilização das intervenções humanas com os valores naturais e paisagísticos e o amortecimento de impactes relativamente às áreas de protecção total e protecção parcial.

Áreas de Protecção Complementar do Tipo II
As áreas de protecção complementar do tipo II correspondem a espaços predominantemente artificializados, com valores naturais nulos ou reduzidos, mas que devem ser geridos de forma a estabelecerem o enquadramento, transição ou amortecimento de impactes relativamente a áreas de protecção total e parcial.
As áreas de protecção complementar do tipo II englobam essencialmente as edificações isoladas em espaço rural, áreas de edificação dispersa fora de perímetros urbanos e áreas de aterro, deposição ou extracção de inertes.

Áreas de Intervenção Específica

Às áreas com características especiais que requerem a tomada de medidas ou acções específicas que, pela sua particularidade, não são totalmente asseguradas pelos níveis de protecção anteriores, é aplicado um regime de intervenção específico.
As áreas de intervenção específica compreendem essencialmente espaços com valor patrimonial, natural ou cultural, real ou potencial, que carecem de valorização, salvaguarda, recuperação, reabilitação ou reconversão, incluindo também áreas onde os usos e actividades, actuais ou previstos, exigem a sua compatibilização com os objectivos de conservação da natureza.