As características peculiares dos cursos de água desta bacia hidrográfica permitiram a formação de unidades florísticas únicas, muitas delas incluídas em directivas comunitárias de protecção da natureza. Entre as raridades e espécies ameaçadas da flora há a destacar o trevo-de-quatro-folhas-peludo que ocorre nas áreas ribeirinhas.

Trevo-de-quatro-folhas-peludo (Marsilea batardae)
A vegetação que ladeia os cursos de água é diversificada, sendo as espécies mais características, o loendro, a tamargueira e o tamujo. A flora da área do Parque Natural é também bastante rica em plantas aromáticas e medicinais, como o rosmaninho, alecrim, erva-ursa, murta, mariola, montraste e poejo.
Espécies vegetais da Directiva Habitats existentes no Parque Natural:
Espécie
(Nome Cientifico) Familia Botânica Anexos D.Habitats
Festuca duriotagana POACEAE (GRAMINAE) II;IV
Marsilea batardae MARSILEACEAE I;IV
Narcissusfernandesii AMARYLLIDACEAE II;IV
Narcissus bulbocodium AMARYLLIDACEAE V
Ruscus aculeatus LILIACEAE V
Salix salvifolia subsp. australis SALICACEAE II;IV
Spiranthes aestivalis ORCHIDACEAE IV
Narcissus fernandesii
Nome comum Nome cientifico
Trevo-de-quatro-folhas-peludo Marsilea batardae
Loendro Nerium oleander
Tamargueira Tamarix africana
Tamujo Securinega tinctoria
Rosmaninho Lavandula stoechas
Alecrim Rosmarinus officinalis
Erva-ursa Thymus mastichina
Murta Myrtus communis
Mariola Phlomis purpurea
Montraste Mentha suaveolens
Poejo Mentha pulegium