A Rede Natura 2000, que também se aplica ao meio marinho, é composta por:

- Zonas de Protecção Especial (ZPE), estabelecidas ao abrigo da Directiva Aves, que se destinam essencialmente a garantir a conservação das espécies de aves, e seus habitats, listadas no seu anexo I, e das espécies de aves migratórias não referidas no anexo I e cuja ocorrência seja regular;

- Zonas Especiais de Conservação (ZEC), criadas ao abrigo da Directiva Habitats, com o objectivo expresso de "contribuir para assegurar a Biodiversidade, através da conservação dos habitats naturais (anexo I) e dos habitats de espécies da flora e da fauna selvagens (anexo II), considerados ameaçados no espaço da União Europeia".

Nestas áreas de importância comunitária para a conservação de determinados habitats e espécies, as actividades humanas deverão ser compatíveis com a preservação destes valores, visando uma gestão sustentável do ponto de vista ecológico, económico e social.

A garantia da prossecução destes objectivos passa necessariamente por uma articulação da política de conservação da natureza com as restantes políticas sectoriais, nomeadamente, agro-silvopastoril, turística ou de obras públicas, por forma a encontrar os mecanismos para que os espaços incluídos na Rede Natura 2000 sejam espaços vividos e geridos de uma forma sustentável.

O barómetro Natura 2000 fornece informação estatística sobre o progresso na implementação da Rede Natura 2000, tanto ao abrigo da Directiva Aves como da Directiva Habitats.