Conforme consignado nas Perspectivas Financeiras 2007-2013 e na Comunicação da Comissão Europeia sobre Financiamento da Rede Natura 2000, a gestão desta rede comunitária deverá ser financeiramente suportada de forma horizontal, através dos diversos fundos comunitários previstos para o período financeiro 2007-2013.
Um dos fundos comunitários mais interessantes deste ponto de vista é o Fundo Europeu Agrícola para o Desenvolvimento Rural (FEADER), cuja aplicação no território continental se concretiza através do Programa de Desenvolvimento Rural (PRODER).
O Instrumento Financeiro para o Ambiente (LIFE+), e em particular o LIFE+ Natureza e Biodiversidade , co-financia as acções de conservação da natureza na Rede Natura 2000 não elegíveis ou enquadráveis nos Fundos Estruturais ou de Desenvolvimento Rural, assumindo-se assim como um instrumento financeiro complementar.
É ainda relevante o papel do Fundo Europeu das Pescas (FEP), concretizado em Portugal através do Programa Operacional das Pescas (PROMAR).
No sentido de ultrapassar os significativos constrangimentos à consolidação de uma dinâmica sustentada de sucesso no processo de desenvolvimento económico, social e territorial de Portugal, o Quadro de Referência Estratégico Nacional para o período 2007-2013 (QREN) inclui Programas Operacionais Regionais para o Continente e para as duas Regiões Autónomas, todos eles incluindo um leque de medidas de apoio financeiro à valorização e qualificação ambiental e promoção da biodiversidade.
O PROVERE é um instrumento desenvolvido pelo Ministério do Ambiente, do Ordenamento do Território e do Desenvolvimento Regional, no âmbito do QREN, que pretende estimular iniciativas dos agentes económicos orientadas para a melhoria da competitividade territorial em áreas de baixa densidade – populacional, institucional, de actividade económica, etc. – que visem a valorização económica dos recursos endógenos e tendencialmente inimitáveis do território, entre os quais os recursos naturais.
Também dentro do QREN, a Cooperação Territorial Europeia pretende reforçar as intervenções conjuntas dos Estados-Membros em acções de desenvolvimento territorial integrado, incluindo vários Programas Operacionais de Cooperação. Entre estes, destacamos o PO de Cooperação Transfronteiriça Portugal – Espanha 2007-2013, cuja elegibilidade geográfica portuguesa corresponde às NUTS III localizadas ao longo da fronteira interna terrestre com Espanha e que, entre outros eixos prioritários, prevê o da cooperação e gestão conjunta em ambiente, património e prevenção de riscos.