A Rede Natura 2000 tem como objectivo contribuir para assegurar a biodiversidade através da conservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens no território europeu dos Estados-membros em que o Tratado é aplicável. Abrange também o meio marinho.

O território da União Europeia compreende 9 Regiões Biogeográficas. Trabalhando a esse nível é mais fácil assegurar a plena representatividade e a conservação das espécies e dos habitats em condições naturais similares ao longo de vários países.

Três dessas regiões (Atlântica, Mediterrânica e Macaronésica) estão representadas no território nacional.



VALORES NATURAIS
Listas de Referência de Espécies e Habitats

- Listas de Referencia dos habitats e espécies da Região Atlantica.
- Listas de Referencia dos habitats e espécies da Região Mediterrânica.
- Listas de Referencia dos habitats e espécies da Região Macarronésica.

Manual de Interpretação de tipos de Habitats >> 

A selecção e delimitação das áreas da Rede Natura 2000 têm por base critérios exclusivamente científicos.

No caso das áreas designadas ao abrigo da Directiva Habitats é da competência de cada Estado Membro a elaboração de uma Lista Nacional de Sítios (que em Portugal foi publicada em duas fases (1ª fase em 1997 e 2ª fase em 2000). A partir das várias propostas nacionais a Comissão Europeia, em articulação com os Estados-Membros, selecciona os Sítios de Importância Comunitária (SIC) (decisões da Comissão Europeia: Região Atlântica, Região Mediterrânica, Região Macarronésica) , que deverão ser classificados pelos Estados-Membros como Zonas Especiais de Conservação (ZEC) passando a integrar a Rede Natura 2000, culminando um processo faseado de co-decisão entre os Estados-Membros e a Comissão Europeia.

No caso da Directiva Aves, cabe apenas aos Estados-Membros proceder à classificação de Zonas de Protecção Especial, as quais, uma vez declaradas como tal à Comissão Europeia, passam desde logo a integrar a Rede Natura 2000.