GERAL
Decreto-Lei n.º 140/99 (D.R. n.º 96, Série I-A de 1999-04-24) republicado pelo Decreto-Lei n.º 49/2005 (D.R. n.º 39, Série I-A de 2005-02-24)
Revê a transposição para a ordem jurídica interna da Directiva n.º 79/409/CEE, do Conselho, de 2 de Abril (relativa à conservação das aves selvagens), e da Directiva n.º 92/43/CEE, do Conselho, de 21 de Maio (relativa à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens). Revoga os Decretos-Lei n.os 75/91, de 14 de Fevereiro, 224/93, de 18 de Junho, e 226/97, de 27 de Agosto.

Decreto-Lei n.º 69/2000 (D.R. n.º 102, Série I-A de 2000-05-03), republicado pelo Decreto-Lei n.º 197/2005 (D.R. n.º 214, Série I-A de 2005-11-08) Revê a transposição para a ordem jurídica interna da Directiva nº85/337/CEE, do Conselho, de 27 de Junho de 1985 (relativa à avaliação dos efeitos de determinados projectos públicos ou privados no ambiente), com as alterações introduzidas pela Directiva nº97/11/CE, do Conselho, de 3 de Março de 1997, transpondo parcialmente a Directiva n.º 2003/35/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 26 de Maio. Revoga o Decreto-Lei nº 186/90, de 6 de Junho, alterado pelo Decreto-Lei nº 278/97, de 8 de Outubro e o Decreto Regulamentar nº 38/90, de 27 de Novembro, alterado pelo Decreto Regulamentar nº 42/97, de 10 de Outubro.

Decreto-Lei n.º 232/2007 (D.R. n.º 114, Série I-A de 2007-06-15)
Estabelece o regime a que fica sujeita a avaliação ambiental dos efeitos de determinados planos e programas no ambiente, transpondo para a ordem jurídica interna as Directivas nº 2001/42/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 27 de Junho, e 2003/35/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 26 de Maio.

Lei n.º nº 58/2005 (D.R. n.º 249, Série I-A de 2005-12-29)
Aprova a Lei da Água, transpondo para a ordem jurídica nacional a Directiva nº20000/60/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 23 de Outubro, e estabelecendo as bases e o quadro institucional para a gestão sustentável das águas.
Rectificado pela Declaração de Rectificação n.o 11-A/2006

Decreto-Lei n.º 147/2008 (D.R. n.º 145, Série I-A de 2008-07-29),
Estabelece o regime jurídico da responsabilidade por danos ambientais e transpõe para a ordem jurídica nacional a Directiva n.º 2004/35/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 21 de Abril de 2004, que aprovou, com base no princípio do poluidor -pagador, o regime relativo à responsabilidade ambiental aplicável à prevenção e reparação dos danos ambientais, com a alteração que lhe foi introduzida pela Directiva n.º 2006/21/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, relativa à gestão de resíduos da indústria extractiva

Decreto-Lei nº 108/2010 (D.R. n.º 199, Série I-A de 2010-10-13)
Estabelece o regime jurídico das medidas necessárias para garantir o bom estado ambiental do meio marinho até 2020, transpondo para a ordem jurídica interna a Directiva n.º 2008/56/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 17 de Junho, designada de Directiva -Quadro Estratégia Marinha.

DESIGNAÇÃO DE SIC E ZPE 
Decreto-Lei n.º 280/94 (D.R. n.º 256, Série I-A de 1994-11-05)
Cria a Zona de Protecção Especial do Estuário do Tejo.

Decreto-Lei nº 46/1997 (D.R. nº46 , Série I-A 1997-02-24)
Altera os limites da Zonas de Protecção Especial do Estuário do Tejo.

Resolução do Conselho de Ministros n.º 142/97 (D.R. n.º 198, Série I-B de 1997-08-28)
Aprova a lista nacional de sítios (1.ª fase) prevista no artigo 3.º do Decreto-Lei n.º 226/97, de 27 de Agosto (transpõe para o direito interno a Directiva n.º 92/43/CEE, do Conselho, de 21 de Maio, relativa à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens).

Resolução do Governo Regional dos Açores n.º 30/98, de 05 de Fevereiro
Aprova a Lista de Sítios da Região Autónoma dos Açores (1ªfase) 

Decreto-Lei n.º 384-B/99 (D.R. n.º 223, Série I-A, Suplemento de 1999-09-23)
Cria diversas zonas de protecção especial e revê a transposição para a ordem jurídica interna das Directivas n.os 79/409/CEE, do Conselho, de 2 de Abril, e 92/43/CEE, do Conselho, de 21 de Maio

Resolução do Conselho de Ministros n.º 76/2000 (D.R. n.º 153, Série I-B de 2000-07-05)
Aprova a 2.ª fase da lista nacional de sítios a que se refere o n.º 1 do artigo 4.º do Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril.

Resolução do Governo Regional da Madeira nº 1408/2000, de 19 de Setembro
Aprova a Lista de Sítios da Região Autónoma da Madeira

Decreto-Lei n.º 140/2002 (D.R. n.º 116, Série I-A de 2002-05-20)
Altera o Decreto-Lei n.º 280/94, de 5 de Novembro, e procede à redefinição dos limites da Zona de Protecção Especial do Estuário do Tejo, alterando os Decretos-Leis n.os 51/95, de 20 de Março, e 46/97, de 24 de Fevereiro.

Decreto-Lei n.º 141/2002 (D.R. n.º 116, Série I-A de 2002-05-20)
Altera os limites das Zonas de Protecção Especial (ZPE) do Tejo Internacional, Erges e Ponsul e de Moura, Mourão e Barrancos.

Decreto-Lei nº 190/2002 (D.R. n.º 205, Série I-A de 2002-09-20) 
Altera os limites da Zonas de Protecção Especial do Estuário Tejo (Altera DL 140_2002).

Decreto Regulamentar Regional nº 14/2004/A, de 20 de Maio.
Cria as Zonas de Protecção Especial da Região Autónoma dos Açores

Resolução do Conselho de Ministros n.º 135/2004 (D.R. n.º 231, Série I-B de 2004-09-30)
Altera os limites do sítio da serra da Gardunha (PTCON0028) da lista nacional de sítios.

Portaria n.º 829/2007 (D.R. n.º 147, Série I de 2007-08-01)
Divulga a lista dos sítios de importânia comunitária (SIC) situados em território nacional pertencentes às regiões biogeográficas atlântica, mediterrânica e macaronésica .

Decreto Regulamentar n.º 6/2008 (D.R. n.º 40, Série I de 2008-26-02)
Cria as Zonas de Protecção especial de Monforte, Veiros, Vila Fernando, São Vicente, Évora, Reguengos, Cuba e Piçarras.

Decreto Regulamentares n.º 10/2008 (D. R n.º 60, Série I de 200-26-03)
Cria as ZPE de Monchique e Caldeirão.

Decreto-Lei nº 59/2008, (D.R. n.º 61, Série I de 2008-27-03)
Altera os limites das ZPE de Moura/Mourão/Barrancos e Castro Verde.

Decreto Regulamentar n.º 18/2008 (D.R. n.º 229, Série I de 2008-25-11)
Cria a Zona de Protecção especial de Torre da Bolsa.

GESTÃO DA RN 2000
Resolução do Conselho de Ministros nº 115-A/2008, (D. R. nº 139, Série I, Suplemento de 2008-07-21)
Aprova o Plano Sectorial da Rede Natura 2000 relativo ao território do continente.

Consultar ainda os Planos de Ordenamento das Áreas Protegidas (POAP)